فرخی علوم مقدماتی را در یزد فرا گرفت. قدری در مکتبخانه و مدتی در مدرسه مرسلین انگلیسی یزد تحصیل نمود. فرخی تا حدود سن ۱۶ سالگی تحصیل کرد و فارسی و مقدمات عربی را آموخت. وی در حدود سن ۱۵ سالگی به دلیل اشعاری که علیه مدرسان و مدیران مدرسه یزد میسرود، از مدرسه اخراج شد.
محمد فرخی یزدی، شاعر و روزنامهنگار آزادیخواه و دموکرات صدر مشروطیت، در سال ۱۲۶۷ در یزد دیده به جهتن گشود. وی سردبیر نشریات زیادی از جمله روزنامه طوفان بود. او همچنین نماینده مردم یزد در دوره هفتم مجلس شورای ملی بود و در شب ۲۵ مهر ماه ۱۳۱۸ در زندان قصر کشته شد. مدفن او نامعلوم است.
فرخی علوم مقدماتی را در یزد فرا گرفت. قدری در مکتبخانه و مدتی در مدرسه مرسلین انگلیسی یزد تحصیل نمود. فرخی تا حدود سن ۱۶ سالگی تحصیل کرد و فارسی و مقدمات عربی را آموخت. وی در حدود سن ۱۵ سالگی به دلیل اشعاری که علیه مدرسان و مدیران مدرسه یزد میسرود، از مدرسه اخراج شد.
فرخی شاعری را از کودکی آغاز نمود. فرخی خود معتقد بود که طبع شعرش از مطالعه اشعار سعدی بخصوص رباعی زیر به شعر میل کردهاست.
در نوروز سال ۱۳۲۷ هجری قمری، فرخی(برخلاف سایر شعرای شهر که معمولاً قصیدهای در مدح حاکم و حکومت وقت میساختند) شعری در قالب مسمط ساخت و در مجمع آزادیخواهان یزد خواند. در پایان این مسمط ضمن بازخوانی تاریخ ایران، خطاب به ضیغمالدوله قشقایی حاکم یزد چنین گفت:
خود تو میدانی نیم از شاعران چاپلوس
کز برای سیم بنمایم کسی را پایبوس
لیک گویم گر به قانون مجری قانون شوی
بهمن و کیخسرو و جمشید و فریدون شوی
به همین مناسبت حاکم یزد دستور داد دهانش را با نخ و سوزن دوختند و به زندانش افکندند. تحصن مردم یزد در تلگرافخانه شهر و اعتراض به این امر موجب استیضاح وزیر کشور وقت از طرف مجلس شد. ولی وزیر کشور بهکلی منکر وقوع چنین واقعهای شد.
در اواخر سال ۱۳۲۸ هجری قمری، فرخی به تهران مهاجرت کرد و در آنجا مقالات و اشعار مهیجی را در باره آزادی در روزنامهها به نشر سپرد. وی در جریان جنگ جهانی اول، رهسپار بغداد و کربلا شد، در آنجا تحت پیگرد انگلیسیها قرار گرفت. وی هنگامی که به طور ناشناس عزم ورود به ایران، از طریق موصل را داشت به دست سربازان روسیه مورد سوء قصد قرار گرفت. در دوران نخست وزیر وثوقالدوله، با قرارداد ۱۹۱۹ مخالفت نمود و به همین سبب مدتها در زندان شهربانی محبوس شد. با وقوع کودتای سوم اسفند، همراه با بقیه آزادیخواهان بازهم مدتی را در باغ سردار اعتماد زندانی گردید.
فرخی در سال ۱۳۰۰ شمسی در تهران روزنامه طوفان را منتشر ساخت. طوفان در طول مدت انتشار بیش از پانزده مرتبه توقیف و باز منتشر شدهاست. گاه نیز به سبب زندانی شدن فرخی، انتشار روزنامه دچار وقفه گردیدهاست. در مواقعی که روزنامه طوفان توقیف میشد، فرخی با در دست داشتن مجوز و امتیاز سایر روزنامهها همچون «پیکار»، «قیام»، طلیعه آئینه افکار» و «ستاره شرق» مقالات و اشعار خود را منتشر مینمود.
در سال ۱۳۰۷ خورشیدی، فرخی یزدی به عنوان نماینده مجلس شورای ملی در دوره هفتم قانونگذاری، از طرف مردم یزد انتخاب گردید و به همراه محمدرضا طلوع، تنها نمایندگان بازمانده در جناح اقلیت را تشکیل دادند. با توجه به اینکه تمامی بقیه وکلا حامی دولت رضاشاه بودند، فرخی مرتبا از سایر وکلا ناسزا میشنید و حتی یکبار در مجلس توسط حیدری، نماینده مهاباد مورد ضرب و شتم نیز قرار گرفت. از آن پس با اظهار اینکه حتی در کانون عدل و داد نیز امنیت جانی ندارد، ساکن مجلس شد و پس از چند شب، مخفیانه از تهران فرار نمود.
وی از طریق شوروی به آلمان رفت و مدتی در نشریهای به نام «پیکار» که صاحبامتیاز آن غیرایرانی بود، افکار انقلابی خود را منتشر ساخت. در ملاقاتی با عبدالحسین تیمورتاش فریب وعده او را خورد و از طریق ترکیه و بغداد به تهران بازگشت و بلافاصله تحت نظر قرار گرفت. اندکی بعد به بهانه بدهی به یک کاغذفروش ابتدا به زندان ثبت و سپس به زندان شهربانی افتاد. همزمان پروندهای با اتهام «اسائه ادب به مقام سلطنت» برای وی تشکیل گردید. ابتدا به ۲۷ ماه و پس از تجدید نظر به سی ماه زندان محکوم شد و به زندان قصر منتقل گردید.
فرخی در زندان قصر و ظاهرا در شهریور ۱۳۱۸ به طور عمدی مسموم شد. بنا به اظهار دادستان محاکمه عمال شهربانی، فرخی در بیمارستان زندان، بوسیله تزریق آمپول هوا توسط پزشک احمدی کشته شد. اگرچه گواهی رئیس زندان حاکی از فوت فرخی بر اثر ابتلا به مالاریا و نفریت است. مدفن فرخی نامعلوم بوده، ولی احتمالا در گورستان مسگرآباد بطور ناشناس دفن شدهاست.
شب چو در بستم و مست از مینابش کردم
ماه اگر حلقه به در کوفت جوابش کردم
دیدی آن ترک ختا دشمن جان بود مرا
گرچه عمری به خطا دوست خطابش کردم
منزل مردم بیگانه چو شد خانه چشم
آنقدر گریه نمودم که خرابش کردم
شرح داغ دل پروانه چو گفتم با شمع
آتشی در دلش افکندم و آبش کردم
غرق خون بود و نمی خفت ز حسرت فرهاد
خواندم افسانه شیرین و به خوابش کردم
دل که خونابهٔ غم بود و جگرگوشه دهر
بر سر آتش جور تو کبابش کردم
زندگی کردن من مردن تدریجی بود